(1)预湿和建堆
将麦草直接加水预湿，维持2天左右，充分泡透。稻草、玉米秸、玉米芯等亦如此处理；棉籽壳、菌糠废料，在堆发酵前2～4小时加水拌匀即可。除三维精素外，全部原辅材料进行建堆发酵。一层草料、一层牛粪（鸡粪等）及辅料，层层堆叠。
一般建堆时牛粪应有剩余，不要全部铺于料中，应在料堆顶部用牛粪顺长堆起一尖顶，起到挡雨和防止料堆热量上升散发过多的作用。
建堆完成后，料堆极似一排无门窗的平房。温度计插入1米高料堆内40厘米，用以监测料温。
(2)一次发酵
自建堆之日算起，分别满6天、5天、4天、3天、2天各翻堆一次。目的是使边料、底料、顶料混合均匀，经翻堆后温度偏低的基料处于高温发酵区（即有氧发酵区），得到充分发酵，由此改变其理化性状，使营养得以有效分解和转化。
翻堆方法：提前数小时对料堆喷水，使边缘草料充分吸水。翻堆时先将堆顶牛粪扒下来，然后从料堆的一端开始，将边料取下。把堆内高温区料作为新料堆的底部和顶部，将边料、底料、顶料翻入新料堆的中部位置。建新堆的程序仍同第1次建堆，将牛粪按层铺上。
值得注意的是，在翻堆过程中，原料堆中的牛粪等辅料已很难完全取出，再重新铺层，因此，尽量均匀地使之分布在各料层中。翻堆时应从第2层时开始适当补水，每层补水量视原料的含水量而定，以湿透而不渗流为宜，以免营养成分尤其是速效营养成分流失。第2次翻堆方法同上。第3次翻堆时，兑制800倍辛硫磷溶液，在每层料中均匀喷入，用量为每吨干料50千克左右，以驱杀料堆中的害虫。
最后一次翻堆时，调整基料含水率，并将三维精素均匀喷入。两天后摊开降温，并调配含水率至65%、ph值8，冷却至30℃以下或常温，即可进棚铺料播种。
(3)二次发酵法
室外发酵15天左右取料进棚，将全部基料顺床基堆成大堆，关闭所有通气孔、门、窗等，令基料自然升温。2天后，即可往棚内近地面处通入蒸汽，有条件的可分别从大棚四角通入蒸汽，使棚温、料温迅速同步升高。
自烧蒸汽时，尽量采用小型蒸汽锅炉，也可将多个油桶相接，注入水后大火猛烧，产生大量蒸汽，通过管道通入棚内，使料温、棚温同步达到56～60℃，并维持7小时左右。然后停止加热，使棚内温度缓慢自然下降，当测棚温降至50℃左右时继续加热，通入适量蒸汽，保持该温度5天。
期间应在每天中午气温最高时通风一次，注意通风时加大蒸汽通入量，以防料温大幅降低。一般维持6天，即可撤掉气源，通风降温。待料温降至28℃以下时，即可进行铺料播种。
