双孢菇培养料在发酵过程中，由于措施不当，所属条件得不到满足时，往往容易产生下列问题：
(1) 厌氧发酵堆温不高
粪多、草少，料堆压得过紧，造成透气不良，厌氧发酵堆温不高。要及时采取措施，提早翻堆，将培养料拌松，缩小料堆，增加通气性，以提高堆温。
(2)水分太少
草多、粪少，堆得太松，垛太小，经风吹日晒，料内水分蒸发，粪草过干，微生物活动困难，堆温不高。在这种情况下，也应提早翻堆，将料堆适当放宽，适当拍紧，加足水分，以利于升高堆温。
(3)培养料发黑、发黏、发臭或发酸
翻堆时发现部分培养料发黑、发黏、发臭或发酸，这主要是由于培养料内水分过多，造成厌氧发酵的结果。在翻堆时将中间黑、黏、臭、酸的培养料翻到外面，将料抖松，散发水分，在料堆内打洞，增加透气性。
(4)放线菌容易大量繁殖
料堆内产生白色粉末状物质，在高温、干燥的情况下，耐高温的放线菌容易大量繁殖、生长，消耗培养料的养分。发现有白色粉末状物质的部位，必须浇足水分，防止高温区过干。
(5)料堆内草腐烂，粪块生，有氨气
产生这种情况的原因，主要是培养料前期堆温不高，又没有及时采取适当措施，使培养料不是腐熟而是腐烂，需及时翻堆，提高堆温。
(6)后发酵结束培养料过干
主要原因是前发酵结束后，培养料含水量未适当提高，后发酵期间又未能采取保湿措施。播种前虽又补水，但易引起杂菌的感染，此时可用消毒液、多菌灵溶液调节水分，既补充了水分，又可防止杂菌的发生。
(7)鬼伞
鬼伞孢子大量存在于粪堆和霉变的稻草、麦秆上，在高温、高湿和碱性环境特别是培养基有较多氨气存在时极易发生。
鬼伞在子实体发生前，菌床上没有明显的特征。一旦子实体形成，则可看到许多灰白色或黑色的小型伞菌，散生或簇生。
防止鬼伞发生应从培养料堆制入手，将畜粪、稻草、麦秆晒干，特别是已霉变的麦秆应晒干，杀死鬼伞孢子。选用适当的培养基组成，防止高氮含量。
室外前发酵时若发现料堆周围有鬼伞，将其翻入堆中心，让高温杀死菌丝和孢子。室内后发酵时温度应逐渐上升，并适当通风换气，供应充足的氧气，以免产生厌气发酵，使料内氨气充分散发，提早覆土能抑制鬼伞的生长。
