由于我国地域辽阔，栽培香菇的自然条件和栽培条件各不相同，因此在长期的栽培过程中，形成了许多不同的品种和品系。
目前生产上往往按菌盖大小而划分为大叶、中叶和小叶等品系，按菌盖厚薄分为后肉、中肉、薄肉等品系，按出菇期分为春秋出菇、夏秋出菇、冬春出菇等品系。引种时要根据市场需求、当地气候和栽培季节综合考虑，确定主栽品种。
(1)中温型菌株
秋冬春出菇（10～12月、2～5月），菌龄60～70天，出菇温度一般为9～25℃，适于海拔300～500米地区栽培。
①l-26：福建省三明真菌研究所选育。朵大，外形美观，肉肥厚，菌盖深褐色或棕褐色，少有鳞片和纤毛；朵形圆整，柄细短。出菇中心温度10～24℃，秋冬菇产量占20%～30%，春季出潮猛，品质好、产量高，是现行速生高产优质栽培最为理想的菌株。
②cr-66：福建省三明真菌研究所选育。朵大，圆整美观，肉质紧实；菌盖茶褐色至深褐色，菌柄位正，中粗，适应性较强，种性稳定。出菇中心温度9～23℃，菌龄65～70天，秋春出菇量多，产量高。
③cr-62：福建省三明真菌研究所选育。中朵，肉质厚度中等，柄细短；菌盖黄褐色至茶褐色。适应性较强，出菇中心温度9～23℃，菌龄65～70天，秋春出菇。
(2)中温偏低型菌株
秋冬春出菇（10～12月、2～5月），菌龄60天左右。出菇中心温度8～22℃，适于海拔500～700米地区栽培。
①l-856：福建省三明真菌研究所选育。中朵，单生或丛生，菌丝浓密，适应性强，菌盖茶褐色至黄褐色，肉质肥厚，柄正、细短。出菇中心温度8～22℃。成批长菇，脱袋后边转色边出菇，转潮快，产量高而稳。
②9018(8517)：上海农业局菌种站定向选育。中叶种，丛生，菇形圆整，柄细短，菌盖深褐色，鳞片明显。出菇中心温度12～18℃，秋冬春出菇，转潮快，产量高。
③cr-02：福建省三明真菌研究所选育。中朵丛生，菌肉中厚，盖黄褐色至茶褐色，鳞片明显。出菇中心温度8～22℃，菌龄55～60天。一般脱袋就出菇，头潮菇多为畸形，转潮快；后期朵小，肉薄，色淡。
④l-9612：大叶种，菌肉肥厚，菌盖茶褐色至深褐色，菌褶较疏，柄短而细，产量高而稳，菌龄60天左右。出菇中心温度12～22℃，菌丝不够成熟时过早脱袋，畸形菇较多，秋春季出菇量较多。
⑤9015：中温偏低型菌株，适于海拔500米以上地区栽培。大朵种，朵形圆整，肉厚，产量高，菌盖直径4～14厘米，菌柄长3.5～5.5厘米，不易开膜。出菇中心温度8～22℃，接种期的弹性较大，3～8月间均可，9月下旬至翌年5月出菇。菌筒转色宜稍深稍厚，利用震动拍打法催蕾具有良好效果。
⑥241-4：闽北、浙南菇区主栽品种。中温偏低型迟熟菌株，适于海拔500米以上地区栽培。大朵种，朵形圆整，菌盖直径6～10厘米，菌肉厚度1.8～2.2厘米，菌柄短而细，品质优，国外称为“仿生菇”。菌丝生理成熟时间较长，菌龄180～200天，栽培季节弹性较大，高山区1～3月接种，是全国第一个大面积推广应用的迟熟品种，管理容易，产量高。
(3)低温型菌株
秋冬春出菇（10～12月、2～5月），菌龄60天左右，出菇中心温度5～18℃。适于海拔500米以上山区和北方栽培。le-13：山西原平农学院微生物室选育。中朵种，菇形圆整，肉厚，盖褐色，柄粗短；生活力强，产量稳定。出菇中心温度8℃～18℃，转潮快，秋冬春出菇。
