食用菌的菌丝体生长在适当的培养基中，而用于栽培的产生食用菌子实体的叫菌种。下面介绍双孢蘑菇菌种制作的流程，以及如何制作双孢蘑菇的麦粒菌种。
一、双孢蘑菇菌种制作的流程
双孢蘑菇菌种制作的流程是：母种—原种—栽培种。母种是食用菌类的孢子或组织（包括子实体、菌索和菌核）在琼脂培养基上萌发、分离提纯后得到的菌丝体。
母种常用的培养基是马铃薯、葡萄糖、琼脂培养基（简称pda培养基），一般蘑菇制种常用的方法是用多孢挑单菌落的方法，来取得母种的菌丝体，而不是用组织分离的方法。
一般生产上的用种都应该到科研单位、大专院校，或有制种能力的单位买回经过出菇试验的母种试管，买回后只能扩管1次。
二、如何制作双孢蘑菇的麦粒菌种
麦粒菌种营养丰富，食用菌的菌丝能长到麦粒里面，菌种活力强，播种后麦粒仍能继续供应菌丝体生长所需营养。麦粒菌种制作方法如下。
(1)麦子前处理
①原料：选择无虫、无霉、无杂的新麦子。
②清洗：进一步清除麦子中的杂质。
③浸泡：用0.5%-1.0%的石灰水(ph9-10)浸泡10-12小时。
④冲洗：把浸泡好的麦子捞起，用清水冲洗，直至无泡沫，且水的ph达7-8为止。
⑤煮麦：边煮边搅拌，随着温度的上升逐渐加快搅拌速度，直至麦子成熟，种皮不开裂为止。
⑥冷却：煮熟的麦子出锅后摊开沥水，至麦子表面无明显积水为止。
(2)拌料装瓶
每100千克熟麦加0.4%的碳酸钙、1.4%的石膏，充分拌匀，拌时应注意防止麦子种皮破裂。装瓶时，500毫升的盐水瓶装至400-450毫升处即可，并刷除瓶口及内壁的杂物。棉塞应稍大于瓶口，要求塞紧，不漏气。
(3)消毒灭菌
当天制种的麦粒菌种必须当天消毒，且间隔时间越短越好。消毒步骤如下。
①紧闭消毒设施，关消毒锅门（盖）缓慢地打开进气阀门。
②预升压排冷气，压力至0.05兆帕时，排放冷空气至零。
③升压保温灭菌，重新开始升压，压力至0.15兆帕时保持2小时。
④降压降温放水，关闭进气阀门，压力跌至0.10兆帕时缓慢打开冷凝水阀。压力跌至0位、温度下降至60℃以下时，打开消毒锅炉门（盖）。
