据测定，每生产50千克芹菜需氮20克、磷7克、钾30克。另外，芹菜对硼的需要较强，缺硼时植株易发心腐病。芹菜的水肥管理要特点关注这一基本数据。
芹菜播后，苗前畦面要经常保持湿润。有简单遮阳物的苗畦，因蒸发量较少，在浇透底水后一般不需浇水。没有遮阳物的苗畦，因气温高、蒸发量大，要注意在早晨或傍晚经常浇小水，一般1～2天浇一次。
早春或冬季育苗，一般不需浇水，以防降低地温。出苗后至第1片真叶展开，幼苗虽然吸水较少，但必须经常浇水，保持畦面湿润，防止烈日晒伤幼苗。一般2～3天浇一小水。幼苗长至3～4片真叶时，根系开始扩大，吸水能力逐渐增强，浇水次数要逐渐减少，使畦面见干见湿，以促进根系的发育和加速幼叶分化。
在2～3片真叶以后，可结合浇水进行2～3次追肥，追肥量要掌握少量多次的原则。一般每个育苗畦冲施尿素或三元复合肥0.25～0.5千克。根据苗情，在苗期还可结合防治蚜虫施1～2次叶面肥。芹菜幼苗长至4～5片叶、株高15厘米左右时即可定植。
从定植到缓苗要勤浇、轻浇水，保持土壤湿润。缓苗后，应控制水量并进行中耕（深度10厘米），蹲苗，使根部下扎，心叶分化加速。
芹菜营养生长期是形成产量的关键时期。蹲苗结束后要集中肥水，促进植株营养生长，一般蹲苗后立即追施速效氮肥，以后分期追施2～3次。
特别注意要追施一定量的钾肥，因芹菜是喜钾蔬菜。隔3～4天浇一次水，但水量少些，以免地温过低不利于叶柄肥大。采收前半个月左右，全株可喷施30～50毫克／升的赤霉素1～2次，增产效果更好。
芹菜缺氮表现为叶片细小，叶柄易发生空心与老化。前期缺磷、后期缺钾都对芹菜的产量和品质影响较大，前后期可分别喷施磷、钾液肥。另外，芹菜对硼肥的反应非常敏感，缺硼时出现裂茎，可每亩施用0.5～0.75千克硼砂防治。
