2、病虫害蔓延加重
连作减产很重要的原因之一是病虫害加重,特别是病害,迄今很难用其他方法来控制。如亚麻的立枯病和炭疽病、甜菜的褐斑病、西瓜的枯萎病、棉花的枯萎病和黄萎病、小麦的根腐病、烟草的赤星病和花叶病等,连作都会加重,甚至使作物减产绝收。
3、土壤微生物种群和土壤酶活性变化
连作使土壤微生物种群向一个方向发展,最终不利于该作物生长,产生连作障碍。某些作物连作还因噬菌体的发生而受害。三叶草连作所引起的“土壤衰竭”现象,其原因就是由于在长期连作下,三叶草的根瘤菌受到噬菌体的危害而失去其固氮作用所造成的。在这方面,很多机制尚不够清楚。