生料袋栽培平菇，如果室温过高，通风不良，易发生杂菌污染，主要是绿霉菌、酵母菌及厌气性细菌大量繁殖。所以，在发菌阶段，应坚持每天适量通风换气，特别是在夜间进行通风换气，更能降低室温，有利于健壮发菌。
并注意在菌袋的排放上，袋与袋之间要有一定的间距，不要重叠或挤在一起，防止产生较高的料温而影响菌丝生长。
注意选用新鲜、干燥、无结块、无霉变，并经日光暴晒2-3天的棉籽壳，且不必添加其他营养物质（如麸皮、玉米粉等）。如添加了麸皮等含氮量的有机物质，反而易污染。
为了调整酸碱度，在培养料中可加入2%左右的生石灰，使培养料呈弱碱性，有利于抑制杂菌的生长。
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