钙在树体中是一个不易流动的元素，因此，老叶中的钙比幼叶多，而且叶子不缺钙时，果实仍可能表现缺钙症状。
山楂树当年生枝条中部完整叶片的全钙含量低于0.8%为缺乏，全钙含量1.5%-2.2%为适宜范围。山楂树缺钙早期，叶片或其他器官不表现外部症状，根系生长差，随后常出现根腐，根系受害表现在地上部出现症状之前。
缺钙初期症状，幼嫩部位先表现生长停滞，新叶难抽出，嫩叶叶尖、叶缘粘连扭曲，产生畸形。
严重缺钙时，顶芽枯萎，叶片出现斑点或坏死斑块，枝条生长受阻，幼果表皮木栓化，成熟果实表面出现枯斑。多数情况下，叶片并未表现出缺钙症状，果实则表现缺钙症状，出现多种生理失调症，例如苦痘病、裂果、软木栓病、痘斑病、果肉坏死、心腐病、水心病等，特别是在高氮低钙的情况下，发病更多。
容易出现缺钙现象的土壤是：酸性火成岩、硅质砂岩发育的土壤，高雨量区的沙质土，强酸性泥炭土，由蒙脱石风化的黏土，交换性钠、ph高的盐碱土等。过多使用生理酸性肥料，如氯化铵、氯化钾、硫酸铵、硫酸钾等，或在病虫防治中，经常使用硫磺粉，均会造成土壤酸化，促使土壤中可溶性钙流失。有机肥施用量少，或沙质土壤有机质缺乏，土壤吸附保存钙素能力较弱。
上述情况下，山楂树很容易发生缺钙现象。另外，干旱年份土壤水分不足，土壤盐分浓度大，根系对钙的吸收困难，也容易出现缺钙症状。
山楂树缺钙具体矫治方法，可在落花后4-6周至采果前3周，于树冠喷布0.3%-0.5%的硝酸钙溶液，15天左右一次，连喷3-4次。果实采收后用2%-4%的硝酸钙浸果，可预防贮藏期果肉变褐等生理性病害，增强耐贮性。
