在连续多茬种植后，产量、品质都受到了很大的影响。连作障碍不单单是连作造成的，还因为长期不合理的农事管理。
科学合理的轮作换茬能够提高产量，保持土壤结构和肥力。一要确定换茬作物，将生育期不同、茬口季节早晚不同的作物轮换以及同种作物熟期不同的品种搭配种植。二要错开农忙季节，避免或缓和劳力紧张，保证各项农事作业如期完成，使各种作物都处于最佳的生长季节，从而获得高产。三要注意换茬时期，一般是2～3年。
治理连作障碍就要从土壤改良做起，从大棚土壤管理的各个环节抓起。对于连作而造成的土壤恶化，需要轮作等多方面的土壤改良。
(1)实行轮作
茄科蔬菜可与葫芦科蔬菜实行3～5年的轮作，蔬菜与玉米轮作等，可有效降低土壤盐分，减轻连作危害。
(2)高温闷棚、消毒
在7月份左右，也就是前茬作物拔秧后，每亩施石灰氮70～80千克、粉碎麦秸500～1000千克，旋耕，粑平。封严大棚薄膜，盖严地膜后灌水，日晒15～20天后，大棚通风，并揭去地膜腺晒5～7天，再施肥、整地。
(3)深翻土壤，避免耕作层变浅
由于连年用旋耕机翻地，使土壤耕作层变浅，耕作层变浅不仅不利于根系深扎，而且还容易因浇水施肥而造成伤根。要杜绝连作使用旋耕机翻地，可用旋耕机耕地与人工深翻相结合的方法，人工翻地30厘米左右深，避免地表15～18厘米之下的耕作层形成硬底层，导致活土层(即耕作层)变浅。
(4)减少化肥的能用
土壤板结、“泛青”现象突出，可以说是常年大量施用化肥，土壤中有机质缺乏的表现，因而只有补充有机质才能解决土壤板结的现状。
同时，有机肥营养全，可长期均衡地供应蔬菜生长所需的营养，避免蔬菜生长后期脱肥早衰的现象发生，是化学肥料所不能替代的。因此要重施有机肥，辣椒可亩用鸡粪15立方米左右。
(5)增施菌肥，维护土壤微生物的平衡
菌肥不仅有降解土壤盐害﹑改良土壤的作用，而且还有以菌抑菌预防蔬菜死棵、增加土壤有益菌数量﹑维护土壤微生物平衡的功效。定植时，可穴施大源落地生根抗死棵或激抗菌968壮苗棵不死等。
