有些菜农采用平畦播种，当辣椒苗长到3片叶左右时进行第1次分苗，分完后的幼苗再移栽入苗畦内。当苗有6～8片叶时，将苗子移入营养钵内培育，二次分苗。当辣椒长到11片叶左右时进行定植。以下菜农采用的多次分苗法造成了种种问题。
(1)伤根严重
因为采用的穴盘空间有限，所以辣椒根系长到一定程度时就会从盘底的透水孔长出，在育苗床的土壤中扎根继续生长，频繁移动穴盘就会将辣椒幼苗底部的根系全部切断，使得根系短时间内无法吸收到足够的水肥，致使每移动一次，辣椒就要缓一次苗。
同时辣椒根系不发达、再生能力弱，根系受伤后长出新根的速度较慢，再次下扎的深度也有限，导致辣椒抗逆性低。辣椒根系一般在植株7片叶左右时就开始木栓化，再生能力降低；12片叶左右时根系木栓化程度较高。而菜农选择植株有6～8片叶时进行分苗，11片叶时进行定植，分苗后的根系恢复困难。
(2)伤口容易被病菌侵染
多次分苗，使得根系伤口多，因面加大了感染病菌的几率。辣椒一旦感染根部病害，尤其是根腐病等病害，会导致辣椒定植以后出现大面积死棵。
(3)容易形成小老苗
多次分苗，虽然扩大了秧苗的营养面积和生长空间，改善了其光照条件，但是根系受伤严重，生根慢，不利于营养的供应，导致营养供应不足。表现为辣椒茎秤细弱，叶小、叶黄，辣椒的苗期过长，幼苗茎杆出现木栓化，根系生长速度缓慢，萌发新根的能力变弱，从而导致定植时缓苗慢，辣椒生长势变弱。
(4)花芽分化不良
辣椒幼苗长到3～4片真叶时就开始进行花芽分化，这时若多次移动幼苗，就会因为伤根严重，影响水分、养分和内源激素的供应，从而导致花芽分化不良或花芽分化推迟，导致后期辣椒畸形果过多或前期产量低。
