薏苡为一年生粗壮草本,须根黄白色,海绵质,直径约3毫米。秆直立丛生,高1-2米,具10多节,节多分枝,叶鞘短于其节间,无毛,叶舌干膜质,长约1毫米,叶片扁平宽大,开展,长10-40厘米,宽1.5-3厘米,基部圆形或近心形,中脉粗厚,在下面隆起,边缘粗糙,通常无毛。
薏苡的总状花序腋生成束,长4-10厘米,直立或下垂,具长梗。
薏苡的雌小穗位于花序之下部,外面包以骨质念珠状之总苞,总苞卵圆形,长7-10毫米,直径6-8毫米,珐琅质,坚硬,有光泽,第一颖卵圆形,顶端渐尖呈喙状,具10余脉,包围着第二颖及第一外稃,第二外稃短于颖,具3脉,第二内稃较小,雄蕊常退化,雌蕊具细长之柱头,从总苞之顶端伸出,颖果小,含淀粉少,常不饱满。
薏苡的雄小穗2-3对,着生于总状花序上部,长1-2厘米,无柄雄小穗长6-7毫米,第一颖草质,边缘内折成脊,具有不等宽之翼,顶端钝,具多数脉,第二颖舟形,外稃与内稃膜质,第一及第二小花常具雄蕊3枚,花药桔黄色,长4-5毫米,有柄雄小穗与无柄者相似,或较小而呈不同程度的退化。