鸡的种蛋在选定之后，经过消毒，就可以进行贮存了。一般来说，开产最初2周的种蛋不太适宜用于孵化。在贮存的时候应当留意以下问题。
一、种蛋的保存温度
种蛋对于多变的温度非常敏感，因为蛋产出母体之后，胚胎发育暂时停止，随后在一定的外界环境之下又会开始发育。
当环境温度偏高，但是并非胚胎发育的适宜温度（37.8℃）时，胚胎发育是不完全和不稳定的，容易导致胚胎早期死亡。当环境温度长时间偏低时，比如0℃，虽然胚胎发育处于静止的状态，但是胚胎的活力会严重下降，甚至死亡。
种蛋保存的温度通常为鸡胎发育的生理临界温度23.9℃以下，根据贮存时间的长短，选择不同的温度。如果在4天内进行孵化，一般保存于13-18℃。
二、种蛋的保存湿度
在种蛋保存期间，蛋内的水分会通过气孔不断蒸发，其蒸发的速度和贮存室里的湿度成反比。一般来说，相对湿度保持在75%-80%，这样既能够显著减缓蛋内水分的蒸发，又能够防止霉菌滋生。
三、种蛋的保存时间
即使种蛋处于适宜的环境当中，也会随着保存时间的延长，其蛋白的特性逐渐下降，蛋内的水分逐渐蒸发，蛋白的ph值升高会导致系带和蛋黄膜变脆。
同时，由于蛋内各种酶的活动，也会引起胚胎的衰弱以及营养物质的变性，降低胚胎的活力，最终对孵化率产生影响。而且新鲜的种蛋一般不会立即进行孵化，因为未经贮存就入孵的新鲜蛋，可能会使发育中的胚盘处于适宜的离子梯度以及浓稠的蛋白环境当中，不仅会妨碍气体的扩散，还会限制养分的吸收，导致孵化初期胚胎的死亡明显增多。贮存期过长，由于蛋内蛋白质质量过低等原因，死胚率也会增加。
一般来说，种蛋保存在5-7天较为适宜，温度在2℃时，种蛋保存不超过5天；在30℃以上，种蛋应当在3天内入孵。
四、种蛋的保存方法
种蛋贮存3天以内，应当小头向下；贮存期超过3天，适宜小头向上。
