影响鸡的生物因素包括病毒、细菌、真菌、酵母菌、支原体、衣原体和寄生虫等。除了较大的寄生虫外，这些生物一般都是微生物。
通俗地说，自然界中的微生物是相对于动物和植物的一个大的界别(这种叙述可能在生物学上不够严谨)。微生物在地球表面的自然环境中几乎无处不在。
地球上微生物重量比动物重量和植物重量都要多。
对于大多数人来说，一提到病毒和细菌，就等于是病原微生物，是致病的、有害的。实际上，微生物是地球环境中最古名、最原始和最基本的生命群体，没有微生物就不会有后来进化出来的植物和动物。
动物、植物和微生物三大界别的互相依存，形成了地球自然界生命能量和生命物质的循环。没有无处不在、互相依存又互相制约的微生物环境的支持和循环，动物和植物就不能生存。
与鸡密切接触和关联的微生物群组成了鸡的微生态环境，这主要包括三个方面：
—是体内体表的微生物群，这部分微生物群在很大程度上决定着坞的健康；二是与鸡密切接触环境中的微生物群；三是参与鸡的生物链循环的微生物群，意义较大的是参与粪尿降解的微生物。
鸡的体表如皮肤、体内与外界相通的呼吸道、消化道、泄殖腔等，都存在很多微生物。在这些微生物中，有的是长期生活在鸡体内体表的共生或寄生的微生物，称原籍菌或常住菌；有的是从鸡所接触的环境(土壤、水、空气)中污染的，称外来菌或微生物。
原籍菌是与鸡在共同的长期进化过程中形成的，各自在鸡体内的特定部位定居繁殖，定殖区域内的菌类及其数量基本保持稳定。在正常情况下，它们对鸡的健康有益，甚至是鸡所必需的，对鸡具有营养、免疫及生物拮抗作用。如消化道内的微生物，参与了营养的消化、合成和吸收。鸡腔道(如消化道、呼吸道等)中的微生物群还与接触的鸡体细胞发生能量流
动、物质交换和遗传信息传递等作用，形成鸡体内的微生态系统。
外来菌一般不能定殖在皮肤表面，如果定殖了就可能打破原有的微生态平衡，往往会对鸡产生不利影响。
