出菇室必须通风、干净、水源方便，并要求室内无直射光。菇房的管理措施分以下几个步骤：
待菌丝长到瓶底后及时把瓶子转移到出菇室，去掉瓶口上的棉塞（或纸），进行搔菌。搔菌是把老菌种耗掉。然后用报纸覆盖瓶口。每天在报纸上喷水2~3次，保持报纸湿润。
几天之后培养基上部就会形成琥珀色的水珠，有时还会形成一层白色棉状物，这是现蕾的前兆，再过13~15天就会出现菇蕾。
现蕾后2~3天菌柄伸长到3~5厘米，菌盖米粒大时，微风吹拂，令其倒伏，再盖报纸，并保持报纸湿润，3~5天后，在倒伏子实体的根部又长出许多密而壮的尖针状的子实体原基。
当金针菇伸出瓶口2~3厘米时套筒。可用蜡纸、牛皮纸、塑料薄膜作筒，高10~12厘米呈喇叭形。
套筒后每天纸筒上可喷少量水，保持湿度90%左右，早晚通风15~20分钟，湿度保持在5~12℃之间。
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