在自然条件下，大气中二氧化碳的含量为0.03%。设施栽培主要在低温季节，一般与外界空气交换较少，内部二氧化碳条件与外界有较大差异。
设施中的二氧化碳，除空气中固有的外，还有果树呼吸作用、土壤微生物活动以及有机物分解等放出的二氧化碳。设施外设置反应堆提供二氧化碳的方法是：
秋季在棚外把有机肥堆积用塑料薄膜覆盖，再用塑料管与温室相通，利用有机质腐烂分解产生的二氧化碳供应设施。
设施内设置反应堆提供二氧化碳，一般是11月在树行下，从树干两边分别起土至树冠外缘下方，靠近树干起土，深10厘米，越往外越深，到树冠外缘下方深度为20厘米。
将所起土分放在四周，形成埂畦式造型。然后在畦内铺放秸秆，厚30～40厘米，秸秆在畦四周应露出10厘米的茬头，填完秸秆后，再将处理好的菌种，按每棵用量均匀撒在秸秆上面。撒完菌种用锨拍振一遍，进行回填覆土，厚8～10厘米。
待大棚盖膜提温前10天左右，浇一次大水湿透秸秆，晾晒3天后，盖地膜，打孔，在膜上用12号钢筋按行距40厘米、孔距20厘米打孔，孔深以穿透秸秆为准。
设施果树内置反应堆一般每亩需秸秆3000～5000千克，菌种8～10千克，疫苗4～5千克。肥料、反应堆在发酵过程中会产生甲烷、氨、硫化氢等有毒气体，应注意通风排出。
另一种方法是在植株间挖深30厘米、宽30～40厘米、长100厘米左右的沟，沟底及四周铺设薄膜，将人粪尿、干鲜杂草、树叶、畜禽粪便等填入，加水使其自然腐烂，可产生较多二氧化碳，持续发生15～20天。
