生物发酵是指人为地创造一个适宜微生物（纳豆芽孢杆菌和酵母菌）生长繁殖的条件，如水分（湿度）、氧气、营养、碳氮比例、ph值、温度等，激活休眠中的微生物，使其得到大量增殖，释放出生物热能，使垫料的温度高达65℃~76℃，从而有效地杀灭病原微生物（如大多数病毒和多数未形成芽孢的细菌）和寄生虫虫卵等的一个生物培养过程。
（一）干原料的铺垫摊开
各取稻壳、锯末10%备用。其余稻壳和锯末倒入垫料场内，在上面均匀撒上米糠、微生物菌剂混合物及生猪粪，用铲车等机械或人工充分混合搅拌均匀。
说明：夏季制作垫料可不使用生猪粪，但当增加优质米糠用量。
第一层铺稻壳，按设定好的稻壳高度将稻壳铺平；第二层将锯末铺在稻壳上面，按设定的高度铺平；第三层是将制备好的“酵母糠”混合物均匀地铺撒在锯末上面。
二、垫料的混合方法
1、第一次垫料混合
将铺好的垫料加水混合均匀，含水量达45%~50%，如果有结块的稻壳或锯末应拍散，大于鸡蛋的木屑应去掉，以防伤害猪体。
2、第二次湿垫料混合
将第一次混合好的垫料确认含水量在45%左右（手捏紧松开后，垫料不结团，手掌上有一点点水迹即可），然后再次均匀翻动一遍。
3、一次垫料堆积发酵
将第二次混合好的垫料堆成梯形堆，高度不得低于1.5米，每堆垫料体积不少于10立方米。垫料堆尽可能集中，减少外表面积和着地面积。原因是表层及着地20~30厘米厚的垫料温度较低，不能发酵。
三、覆袋保温保湿和升温
在垫料堆积后，昼夜环境温度小于25℃时，应当考虑遮盖保温。着地和顶部10厘米不需要遮盖，以便空气进出。如果昼夜环境最高温度小于0℃时，应当考虑在垫料中塞入适当的开水瓶升温。
