在饲养管理上，发酵床养猪与传统养猪模式没有特别的地方，只是在垫料发酵和垫料的维护管理上有一些特殊的要求。只有在垫料发酵成功和保证垫料在饲养过程中正常发酵，才能保证猪的健康成长和猪只排出的粪尿完全分解，实现健康养猪和真正意义上的零排放。于是，对垫料的日常管理和维护就显得十分重要。
1. 微生物酵素必须严格按比例添加，不能过低也不能太高。
2. 饮水系统要确保正常供水，不能缺水。夏季水温不能过高，冬季水温不能过低。
3. 供料系统要确保正常供料，不能缺料，否则猪只会因饥饿采食垫料，引起消化不良或胃溃疡等消化系统疾病；或造成营养缺乏，生长缓慢。特别应注意要有足够的采食和饮水空间。
4. 对污染垫料，严重者废弃，轻微者重新发酵后方能使用。 对发酵失败的垫料，应进行第二次发酵，成功后方能使用。
5. 垫料正常运行使用的判定
（1）中部温度在40℃~45℃之间；（2）气味：酒香味十木屑味，无霉变味；（3）30厘米以下部分水分明显较上层少；（4）在30厘米以下部分有白色的菌丝；（5）20厘米以下部分无氨味、无臭味；（6）色泽较一致。
