萝卜入窖的时间宜在清晨或下午天气较凉时进行，防止高温条件下入窖。埋藏时，萝卜根部朝上，顶部朝下，斜靠坑壁，一个紧挨一个按同样顺序码地坑里。这种放置方法有抑制萝卜抽薹发芽、减少糠心的作用。待全坑放满一层后，在上面撒一层厚约5厘米的湿润土。再码第二层，码完后又撒湿润的土，然后码第三层，一般可以摆3-4层，使沟内萝卜的高度在60-80厘米，最上一层萝卜的上面，覆湿润的细土10厘米左右。隔层用的土，以用挖坑时下层的土为宜。因为这些土在耕作层以下，没有病虫害。随着气温下降再分次覆土，每次覆土均应在强寒流到来之前。第二次覆土大约在11月底，第三次覆土大约在12月中旬，第三次覆土总厚约30-50厘米。只要萝卜质量好，入窖前未受热、冻害，可以安全贮藏到翌年3-5月。如果冬季要取食或上市供应，在覆土达20厘米时，可在上面盖20-30厘米厚的玉米秸或其它防寒覆盖物，使沟窖覆土微冻或不冻，以便于挖窖。
在我国东北、西北高寒地区，冬季土壤冻层很深，贮藏萝卜不宜用沟窖埋藏，而应用地下式菜窖，或用恒温库贮藏。地下式菜窖是在地下水位较低、背风向阳处建造的。窖深2米，宽5-6米，长10-20米，成长方形。窖顶部架横梁蓬顶，底层铺50-80厘米厚的玉米秸，上面盖100厘米厚的土。整个窖顶厚度略少于当地冬季冻土层的厚度。入口设在窖顶部，上下利用梯子。这种地下式菜窖冬季可保持0-2℃的气温，萝卜不致受冻害。由于窖内空气湿度很大，萝卜只需排列成行垛放即可，不用覆土。恒温库是目前最先进的贮藏蔬菜的场所。库内可自动调节温、湿度，贮藏萝卜十分保险。
