秋茬番茄在定植时，正值高温高湿，加上虫害的增多，使得该茬番茄的生产难度加大。
(1)定植前搞好棚室的消毒工作，合理施用基肥
在前茬作物拉秧后，要及时清洁田园，并进行杀虫灭菌。在时间允许的情况下，可以利用高温闷棚、溴甲烷熏棚等方法处理棚室；结合整地施肥进行土壤灭菌杀虫，如亩用敌克松6千克，均匀施入土壤耕作层，可有效防止疫霉菌根腐病。
要施用腐熟的鸡粪作基肥，如果没有时间使鸡粪充分腐熟，可以使用活性菌快速腐熟。将有机发酵菌兑水后均匀地喷施在鸡粪上，不仅能够在短时间内使鸡粪充分腐熟，还能在一定程度上除臭。
(2)定植时穴施药剂防病治虫
秋茬番茄定植期处于高温多雨季节，茎基腐病、疫霉根腐病、青枯病等土传病害发生较重，定植时可采用穴施化学药剂的方法进行预防，如在定植时穴施向农4号、多菌灵等药剂。有线虫危害的棚室，还应结合穴施福气多、沃尔沃等灭线药剂进行防治。
(3)定植后防高温、防病虫、防雨水灌棚
采用“两网一膜”覆盖栽培方法防高温、防虫害、防雨水。注意遮阳网的合理利用，以免遮阳网覆盖时间过长使番茄光照不足，造成植株徒长、茎细长等症状。正确使用遮阳网的时间为晴天10～15时。
在高温季节，通风降温是重要的工作。在高温期间防虫网只适合在前脸放风口使用。由于顶部放风口无法使用防虫网，而此时的白粉虱、潜叶蝇、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等虫害严重，增加了防治难度，建议物理防治和化学防治相结合。
病害主要为病毒病、茎基腐病、青枯病，可以用50%的dt可湿性粉剂500倍液+800倍液的丰收1号灌根，每株0.5升左右。病毒病可以使用病毒a、病毒灵等药剂进行防治。
另外，还要严防雨水灌棚，造成秋茬番茄烂根死棵。如果雨水已灌棚，要及时用井水浇灌，即“涝浇园”，以减轻雨水灌棚后的危害；并要适时划锄，增强土壤透气性，促进根系生长。
