番茄的病害以真菌性病害为主，其次为病毒病、细菌性病害和生理性病害。虫害主要有根结线虫、潜叶蝇、棉铃虫、烟粉虱、蚜虫等。危害最严重的病虫害有番茄黄化曲叶病毒病（简称ty）、灰霉病和根结线虫。
一、番茄灰霉病的防治
注意选用抗耐病高产良种。清洁田园，摘除病老叶，妥善处理，切勿随意丢弃。防止番茄沾花传病。在沾花时，在番茄灵或2，4－d中加入0.1%的40%施灰乐悬浮剂，使花器沾药，以后在坐果时用浓度为0.1%的40%施灰乐悬浮剂溶液喷果2次，隔7天1次，可预防病害发生。发病初期抓紧连续喷药控病，用40%施灰乐悬浮剂1000倍液，和其他防治灰霉病的药及轮换交替或混合喷施2～3次，隔7～10天1次。
二、番茄根结线虫的防治
在根结线虫比较严重的大棚中种植番茄，可采用综合防治模式：
抗线虫品种或嫁接技术――采用无土育苗培育无线虫壮苗――定植前15～20天用石灰氮土壤消毒――定植时用阿维菌素或其他低毒药剂处理定植穴――生长期用阿维菌素或其他低毒药剂灌根2～3次。
三、黄化曲叶病毒病的防治
①培育无病无虫苗是关键。该病对番茄植株侵害越早，发病率越高，所以预防要从育苗期抓起，做到早防早控，力争少发病或不发病。苗床周围杂草要除干净，苗床土壤要进行消毒处理，以减少病源。
②重防烟粉虱。番茄黄化曲叶病毒病由烟粉虱传播。烟粉虱在田间有迁飞性。应加强整枝打杈和化学防治等田间统一管理，减少相临田块之间的烟粉虱迁飞。
③农业措施。在栽培上适当控制氮肥用量和保持田间湿润。施肥灌水做到少量多次，做到不旱不涝，适时放风，避免棚内高温，调节好田间温湿度，增施有机肥，促进植株生长健壮，提高植株的抗病能力，及时清除田间杂草和残枝落叶，以减少虫源。注意田间管理，防止接触传染，在绑蔓、整枝、打杈、沾花和摘果等操作时，应先处理健株，后处理病株，注意手和工具要用肥皂水充分擦洗，减少人为的传播，发现病株及时清除，减少病毒源。
④实行轮作换茬。发病严重地块要与茄科以外的其他作物实行三年以上的轮作。如换茬种植黄瓜、豆角、葡萄等，避免间套作和连作，减少和避免番茄病毒病土壤和残留物的传毒，减少病毒病的发生；育苗地和栽植棚地应彻底清除带毒杂草，减少病毒病的毒源。
