长期单独施用生理酸性肥料，会使土壤变酸，而产生过多的活性铁、活性铝等有害物质，对作物造成毒害。
而同有机肥料混合施用，可以增加土壤的缓冲性能，防止土壤酸化。
如有机肥与过磷酸钙或过磷酸镁肥等混合，可以促进土壤中自生固氮菌的生长，增加作物氮素营养。
在秸秆还田和施用未腐熟有机肥时，加入化学氮肥，可以避免作物因早期缺氮而影响生长而供应的速度要缓慢，而且禾谷类作物成熟阶段需要同时提供硝态氮和铵态氮，有机肥料能够做到这一点。
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