生物有机肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果。
(1)微生物肥料是活体肥料
它的作用主要靠自身含有的大量有益微生物进行生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。
因此，微生物肥料中有益微生物的种类．生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其他肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和有效含量多少为基础。
(2) 生物有机肥的三大独特功能
生物有机肥作为一种新型的农资产品，其中的有益微生物菌有三大独特功能：
一是能利用土壤中有机质为碳源、空气中二氧化氮为氮素，大量生长繁殖的固氮菌；
二是能分解固结在土壤或土壤母质中磷、钾元素的解磷菌与解钾菌；
三是能够拮抗土传病原菌生长、繁殖的有益菌。
(3)提高土壤肥力
这是生物肥料的主要功效。例如，各种自生、联合或共生的固氮生物肥料，可以固定空气中的氮素，增加土壤中的含氮量。
多种分解磷钾矿物的微生物，如硅酸盐细菌能分解土壤中的钾长石、云母及磷矿石，使其中难溶的磷、钾有效化。
(4)制造和协助农作物吸收营养
根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素，占其一生需要量的30%-80%；va菌根是一种土壤真菌，它可以与多种植物根共生，其菌丝伸出根部很远，可以吸收更多的营养供各种植物利用，其中以对磷的吸收最为明显。
