3、通气管理：灵芝属好气菌，现蕾过程直至菌盖分化阶段，需氧量较大，这就要求应保持相应的通风条，以人进棚后感觉空气新鲜、无塑早异味的标准为好。当菌盖长到3公分以上时，则应适当控制通气量，意在适当提高棚内二氧化碳浓度，以促使菌盖略降低横向生长速度，而转向厚度发展。但提高二氧化碳含量并非是使菌盖增厚的主要原因，那只是辅助措施，菌盖的厚薄还是主要取决于基料营养、水分等因素。具体各生长阶段所需二氧化碳浓度为：菌盖分化前0.3％～0.5％，此后为0.08％～0.1％，不允许超过0.1％，否则将会抑制芝体的止帮发育。
4、光照管理：灵芝对光照的要求是：散射光，其强度是随着芝龄的增加而提高。但在现蕾前要使用较强光照对灵芝进行刺激，以促其现蕾。当有指状突起后，应保持100～200勒克斯光照，有条件时可采取夜间人工照明等措施促其快速分化菌盖。但当菌盖形成后，则保持正常光照度约300勒克斯即可。此后，随着芝龄增加，要根据情况进行调控。进行光照管理时要注意光照的的适量性，因为光照较强时芝体健壮、色泽加深，弹射孢子稍早且量大。而光照偏弱时菌盖相对色浅，但生长期稍长，芝体稍大。
5、潮间管理：如温度条件合适，并有较充裕时间再度出芝，可将出芝面进行清理。立体栽培的菌袋，应予充分补水，一般可采取浸泡等方法，有条件的可使用补水器进行操作，补水量要求大且效率要高，补水后的菌袋才可恢复至出芝前的重量。覆土畦式栽培方式的可补平覆土并适当浇水，然后覆盖薄膜、停止喷水、密闭光线予以养菌，约7～10天后，再度重新管理，便可收获二潮灵芝。
