一般情况下，45-55天，白色菌丝长满整个栽培袋时，可转入子实体阶段管理，此期是决定产量及质量的关键时期，要严格控制环境条件，精心管理，促进子实体的形成和生长。这时管理中需要注意六点：
1．催菇。菌丝长满培养料后，要使其正常出菇达到理想的产量和质量，还要进行催菇。具体方法是：搔菌、降温和增湿。所谓搔菌就是将栽培袋口打开伸直，用消过毒的镊子或铁刷将接种块去掉。经过搔菌，子实体形成多而且整齐。经过搔菌后，应把温度降到10-12℃促进原基形成，同时要使空气相对湿度保持在85%左右，太低不利于大量菇蕾的发生，太高会给后期病害发生带来隐患，湿度不足时用超声波加湿器加湿。为了更好的保湿，可在栽培袋口上覆盖一层报纸，每天喷水2-3次。喷水要细，不能使报纸上积水，保持潮湿即可。一般经催菇3-5天后，料面上就会出现大量米粒状的菇蕾。
2．温度控制。金针菇属低温型菇类，耐寒性较强。子实体形成和生长的温度范围为5-18℃，在10-15℃时对于实体形成最为有利，低于8℃时子实体生长缓慢，高于18℃时子实体很难形成。总之，金针菇适合低温条件，在较低温度下十出菇整齐，菌柄长，产量高。
所以子实体原基形成后，要严格控制温度。室内温度最好控制在10-12℃。温度低于8℃时，子实体生长缓慢。但菇品质较好。温度高于15℃时，子实体生长迅速，极易开伞形成劣质菇。控制温度是通过揭盖草苫和通风换气进行的。冬季温度很低时，可以用增温设备，但注意煤烟等废气不能放到棚室内。
为了使出菇整齐，往往还要经过一个抑蕾或均育阶段。袋栽金针菇在割袋入出菇房后，应将温度降至8℃2-3天，使细嫩原基迅速吹干。待原基吹干变黄后，将温度调为12-15℃，促进原基再生，当再生原基形成后，将温度控制在6-9℃至子实体采收。
