至第５－７天温度下降，可进行第一次翻堆，尽量做到把原来堆外表的料翻入堆内，底层的翻上顶面。四天后第二次翻堆，再过四天第三次翻堆，这次翻堆可拌入过磷酸钙、碳酸钙或石膏，调节酸碱度，并检查料的含水量，适当补充水分。以后每隔四天翻堆一次，第五次翻堆时可配合喷酒杀虫剂，并检查料的气味、颜色、料的软化程度、含水量等，即完成培养料的前发酵工作。每次翻堆的间隔时间因天气而定，温度高时可３－４天翻堆一次，气温低时可５－７天翻堆一次。
蘑菇培养料堆制中，有时会出现一些不正常的情况，而影响培养料的质量。
１、料温不能升高：可能是粪类太多，堆料压得过紧，造成厌气发酵。２、堆料温度不能升到技术指标的要求：可能是草料过多，堆料太松散，水分不足。３、堆料翻开有白色粉状物：可能是堆料温度过高，而且水分不足，高温性的放线菌大量生长，大量消耗堆料养分。处理办法是翻堆补充水分。４、堆料发黑，手感粘糊，有臭味：可能是粪类过多，过湿，透气性差所致。５、草料腐烂，粪块夹生，有霉味：可能是预浸时处理不妥，草料过分浸泡，且含水量过大。粪块浸泡不透。再加上前几次翻堆不妥，料温不能升高。
二次发酵
蘑菇培养料的二次发酵，也叫后发酵，是在第一次发酵，即培养料堆制或前发酵的基础上进行的。二次发酵可以在室内进行，也可以在室外进行。
室内培养料的二次发酵可以在第一次发酵的第三次翻堆后的第２－３天进行，趁着料温回升时把料送入菇房床架上摊平成２０－２５公分厚。或第一次发酵的第五次翻堆后第５－６天进房。培养料进房后，封密门窗，不能泄气。加热源，可以是热蒸汽、电源、烧煤炭等。把室温在８－１２小时内，升到摄氏６０－６５度，保持４－６小时。然后降温至摄氏５０－５２度，保持４－５天。待温度降至摄氏２５－２７度即可播种。
