1．2．4药害损伤。香菇菌丝或子实体对多数农药都很敏感，易造成药害损伤。如敌敌畏、乐果等对菌丝有明显的毒害作用，菇农又较习惯使用这些常规农药进行治虫，结果治了害虫，烂了菌棒。
1．3病菌为害。顽固性寄生菌或病毒直接入侵或干扰，引起菌棒腐烂。
2、菌棒腐烂防治
针对菌棒腐烂原因和引发途径，菌棒腐烂的防治工作应以预防为主，治疗为辅，并贯彻整个栽培管理始终。
2．1选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮
依据本地的气候特点，选择适宜的品种。浙江省350米以下的低海拔地区要选用抗逆性强的“庆元9015”和“庆科20”等品种，而不宜种植“135”等抗逆性弱的品种。
2．2规范栽培管理
2．2．1改造菇棚，搞好栽培场地的环境卫生。将菇棚高度从原来的2．5米升高到3．5米，宽度从3．5米增加至5．4米以上，并整固结构，彻底改善培菌和出菇环境。前季留下的废菌棒要及时清理，老菇场要喷酒高效低毒的杀菌杀虫剂，减少杂菌污染源，降低虫口密度。
2．2．2严格控制消毒药品的用量。目前巿面上消毒盒的有效成分都是相同的，用量以每立方米3－4克为佳，切勿超过6克。过量使用将杀伤杀死香菇菌丝，引起菌棒腐烂。
2．2．3接种口用蜡或胶带封口杜绝虫、菌从接种口入侵菌棒。
2．2．4刺孔通气要规范操作。铁钉直径要小于2毫米，孔深1－1．5公分，选晴天刺孔，不在瘤状物处刺孔。
2．2．5改室内越夏为野外菇棚越夏。菌棒菌丝布满袋后，移至室外菇棚层架上单层摆放，改善通风散热条件，避开夏季高温损害菌棒。
2．2．6合理治虫防病。如选用高效无副作用、无毒、药效长的菇类专用杀虫剂“菇虫净”等，在第一次刺孔后喷酒一次，隔两个月后再喷一次，就能有效地防治虫害，保护菌棒，而不能使用敌敌畏等不宜在香菇菌棒上使用的杀虫剂。
