近几年来，一些代栽香菇产区出现了不同程度的菌棒腐烂现象(即培菌期菌棒腐烂、崩解)，造成了资源的浪费和菇农经济损失，局部区域已严重威胁香菇业的发展。如庆元县1999年、2003年菌棒腐烂率分别达17％和31％，个别农户达到50％以上，损失严重。对此，我们自1997年以来进行了专门的调查研究，初步探清了菌棒腐烂的原因及其防治技术。
1、菌棒腐烂原因
菌棒腐烂多发生在栽培年数较长的老菇区，其发生的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，一切诱发杂菌入侵感染的因素都是导致菌棒腐烂的具体原因，归纳起来有以下几个方面：
1．1栽培品种抗逆性减弱减弱
抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是菌棒腐烂的内因。老菇区一些当家品种种植多年，种性退化，出现菌丝生命力下降、对环境适应能力减弱、抗杂菌入侵能力下降等抗逆性的退化，竞争性杂菌就能侵人为害，导致腐烂。如香菇241－4品种，因栽培年数已久，近年来其丰产性、抗逆性都明显退化，其菌棒腐烂逐年加重。
1．2菌丝损害杂菌入侵
菌棒菌丝受到直接损伤，杂菌从伤口侵染，从而引起菌棒腐烂。这是腐烂的外因。
1．2．1栽培环境恶劣。恶劣的环境因素导致菌丝生长受阻、自溶、抗逆性减弱或衰老死亡，引起菌棒腐烂，夏季高温、通风不够、消毒药品使用不当、原材料变质等因素都可能诱发腐烂。
1．2．2虫害损伤。菇类害虫从接种口、通气孔进入菌棒生长繁殖，直接咬食菌丝体，菌丝受伤后形成局部高湿、高营养环境，竞争性杂菌入侵感染，即形成虫菌交叉感染，菌棒腐烂。老菇区虫口密度高，虫害重，烂棒也严重的原因就在于此。
1．2．3刺孔损伤。栽培过程中刺孔通气操作时，刺孔器械(铁钉、竹签等)直接刺伤菌丝，杂菌入侵感染，继而菌棒腐烂。
