在大棚蔬菜施肥方面，只有始终坚持以有机肥料为主，并且经常追施有机肥料，才能够为作物提供最为全面的肥料供应，持续满足作物光合作用对于二氧化碳的需求，避免作物出现缺素症等生理性病害，避免土壤盐渍化。
一、化肥的施用量过多
化肥的施用量过多，而有机肥的施用量偏少。这种现象极为普遍，这是因为多数菜农仍然在沿用露天栽培的管理技术来管理大棚蔬菜。他们没有充分认识到大棚内栽培的蔬菜作物，其生态环境已经发生了变化，制约产量高低的主要因素，已经从肥料的科学施用转变为温度、湿度是否合理以及室内空气中二氧化碳的含量是否充足。
化肥对于这两个方面起不到什么作用，而有机肥料不但能够为作物提供各种肥料元素，更为重要的是有机肥料还能够源源不断地释放二氧化碳，提高土壤温度。所以在大棚内栽培蔬菜作物，必须以施用有机肥料为主。
二、盲目增大施肥量
尤其是氮肥的施用量过多。目前有些菜农依然存在着施肥量越高，产量就越高的陈旧观点，盲目地增大施肥量，却忽视了土壤的养分状况和作物的实际需要量，从而导致肥料的利用率低下、土壤环境恶化，经济效益、生态效益和社会效益都出现下降。
三、撒肥、翻掘、浇水、覆膜不同步
在进行追肥操作的时候，不开启通风口，或者不能严格执行“撒肥、翻掘、浇水、覆膜同步进行”的技术规程。往往是先把所有的或者大部分肥料撒上，然后进行翻耕、浇水、覆膜。这样的做法必然会造成大棚内氨气的浓度过高，危害植株，轻者叶片边缘及叶尖干枯，中等程度的受害者部分叶片干枯，严重时甚至会使植株萎蔫死亡。同时还会造成大棚内湿度过大，引发病害的发生与蔓延。
四、追肥仍习惯以速效化肥为主
虽然在基肥方面注意了施用有机肥料，但是在追肥时仍然习惯以速效化肥为主。化肥只能提供几种有限的肥料元素，它无法解决二氧化碳的供应问题。一旦大棚内二氧化碳的浓度降低，制约了光合作用的效率，那么即使速效化肥追施得再多，也是毫无意义的。
相反，速效化肥追施得偏多，特别是氮素化肥的施用量偏多，会提高作物产品中硝酸盐、亚硝酸盐的含量，使蔬菜产品成为对人体有害的致癌产品而无法食用。
