神秘果花单生或通常数朵簇生叶腋或老枝上，有时排列成聚伞花序，稀成总状或圆锥花序，两性，稀单性或杂性，辐射对称，具小苞片。
神秘果花萼裂片通常4-6，稀至12，覆瓦状排列，或成2轮，基部联合。花冠合瓣，具短管，裂片与花萼裂片同数或为其2倍，覆瓦状排列，通常全缘，有时于侧面或背部具撕裂状或裂片状附属物。
能育雄蕊着生于花冠裂片基部或冠管喉部，与花冠裂片同数对生，或多数而排列成2-3轮，分离，花药2室，药室纵裂，通常外向。退化雄蕊有或无，如存在则与雄蕊互生，鳞片状至花瓣状，通常无残存花药。
雌蕊1，子房上位，心皮4或5，合生，中轴胎座，每室1侧生下转（肉实树属）或上转胚珠，着生于胎座基部，珠被1层，珠孔向下，花柱单生，通常顶端分裂。
神秘果是典型热带常绿灌木，有时具乳汁，髓部、皮层及叶肉有分泌硬橡胶的乳管，幼嫩部分常被锈色、通常2叉的绒毛。单叶互生，近对生或对生，有时密聚于枝顶，通常革质，全缘，羽状脉。托叶早落或无托叶。
神秘果为浆果，有时为核果状，果肉近果皮处有厚壁组织而成薄革质至骨质外皮。种子1至数枚，通常具油质胚乳或没有，种皮褐色，硬而光亮，富含单宁，有各种各样的疤痕，子叶薄或厚，有时叶状。