真菌毒素是有些霉菌在生长过程中产生的有毒代谢产物。原粮中常见的真菌毒素有：
1、黄曲霉毒素
黄曲霉毒素理化性质稳定，269℃才被破坏，是污染最普遍，毒性和致癌性最强的真菌毒素。急性中毒表现为呕吐、发热、食欲不振、黄疸，严重者出现腹水、下肢浮肿、肝大、脾大，常发生突然死亡。
流行病学调查表明，人类肝癌发病增加与摄入黄曲霉毒素相关，肝癌高发区的食品常被严重污染。有肝炎的人受到黄曲霉毒素侵害时，更容易引发肝癌。
2、赭曲霉毒素
是一种肾脏毒素，具有致畸、致癌及免疫毒性。理化性质稳定。摄入后主要导致肾脏病变，是一种慢性进行性疾病，往往造成死亡。尸检症状肾脏明显缩小、肾间质纤维化、肾小管变性，肾盂癌、输尿管癌与此毒素有关。
3、脱氧雪腐镰刀菌烯酮，即呕吐毒素
该毒素理化性质稳定，酸性条件下不破坏。中毒后主要表现为消化系统和神经系统症状，主要有恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头痛、头晕等，有的出现乏力、全身不适、颜面潮红、步伐不稳等醉酒样症状。无死亡报道。
4、玉米赤霉烯酮
理化性质稳定，玉米中污染最普遍。它是非固醇类，具有雌激素性质的真菌毒素，主要作用于生殖系统，母猪最敏感，可引起不育、流产等。未见引起人类中毒的报道，但与雌激素相关的人类疾病可能与该毒素有关。
