农药残留是当前茶叶出口和内销中遇到的最大的卫生质量问题。除此以外，当前茶叶质量安全存在的主要问题还有以下几个方面：
1、农药残留超标
农药残留是茶叶出口和内销中遇到的最大的卫生问题。近年来我国茶叶出口量不断下降，其主要原因就是农药残留超标。
比如，我国茶叶监督抽检以及出口欧盟、美国、日本的通报，均有发现农药残留的问题。
2、有害重金属残留污染物超标
茶叶中有害重金属残留污染物主要是铅、砷、铜、稀土等。我国茶叶监督抽检以及出口欧盟、日本的通报，均有发现稀土、铅含量超标。
国家标准原规定茶叶中铅含量不超过2mg/kg，由于标准规定过高，因此样品中实际检出超过2mg/kg占比较高，后来国家标准调整为5mg/kg，与国际上绝大多数国家标准相一致。
3、微生物污染
目前，我国茶叶中有害微生物的污染情况不容乐观，在出口茶叶中时有大肠杆菌、黄曲霉素等检出。
尽管目前绝大多数茶叶进口国家和地区尚未将有害微生物列为必检项目，但欧盟和美国已将其列为试检项目，面临形势十分严峻。
4、非茶异物和粉尘污染
我国国家标准规定，紧压茶、茯砖茶中非茶异物不超过1%，对其他茶中非茶异物（包括磁性物质等）暂未作任何规定。但有的国家已作出规定。
比如，日本要求茶叶中不得检出任何非茶异物；俄罗斯要求茶叶中金属磁性物质限量指标不超过5mg/kg。
从对国内茶叶加工厂的调查结果来看，茶厂受粉尘的污染也相当严重，对茶叶卫生质量、人体健康和生态环境均带来巨大影响。
5、茶叶的陈化和质变污染
茶叶的陈化和变质与茶叶的贮存条件、保质期有一定关系，影响因素主要有光线、温度和茶叶自身的特性，其中茶叶含水率影响最大，茶叶所具有的陈化作用、吸湿作用与吸附作用，使茶叶在贮存过程中极易霉变、陈化和变味。
