2、日粮抗原过敏
胃肠黏膜中存在大量的淋巴组织，通过体液和(或)细胞免疫对抗进入胃肠道的抗原物质。
仔猪在采食饲料时，饲料中的抗原物质，包括无害的蛋白质通常可激发系统的免疫反应，在获得免疫耐受之前，通常要经历一段过敏时期，即饲料抗原引发仔猪发生细胞介导的超敏反应(迟发性超敏反应)，导致小肠损伤。主要表现为小肠绒毛萎缩、隐窝增生，进而引起功能变化而腹泻。
此外，由于肠道组织的损伤，病原微生物可乘虚而入，加剧腹泻病程。断奶仔猪在进食固体饲料或变换饲料后，一般3－5天出现腹泻，在无病原微生物的参与下，一个星期左右病情得以缓解。
3、营养因子缺乏
仔猪缺乏维生素(如叶酸、烟酸、泛酸)、矿物质或其它必需的营养物质(如微量元素锌、硒、铁、铜)，导致抵抗力降低而出现下痢。病仔猪排淡黄色、白色、灰绿色糨糊状或水样恶臭稀粪。
4、应激因素
仔猪由于自身免疫系统、消化系统及其酶系统尚未发育健全，对各种应激因素如断奶后母仔分离、食物变化、伙伴变化、环境及其温度、湿度的变化等非常敏感，产生一系列应激反应，最终导致采食量下降、消化不良而腹泻。病仔猪排水样或鸭粪样稀粪。
5、哺乳母猪换料或患病
哺乳期间的仔猪主要通过母乳获得营养，哺乳母猪换料和患病会直接影响乳汁的成分和品质，从而影响仔猪健康。
