一头好的种用牦牛，不在乎它本身生产性能的高低，而在于能否生产优质的后代，也就是说是否具有优良的遗传型。所以，牦牛的选种，实质上就是对牦牛遗传型的选择。
1、牦牛的性能测定
对于牦牛的增重、阶段活重、体格大小、饲料利用率等遗传力较高，且能够活体测定的性状，它是一种十分有效的选择方法。1.5-3岁牦牛的二选和定选均采用这种方法。
在实际选种中，当被选个体同一性状只有一次成绩记录时，应先校正到同一标准条件下，然后按表型顺序选优去劣。
当被选个体同一性状有多次成绩记录时，先把多次记录进行平均，然后按平均值进行排序选种。
2、牦牛的系谱测定
系谱测定就是通过查阅和分析各代祖先的生产性能、发育情况以及其他材料，来估计该种畜的近似种用价值，以便基本确定种畜的去留。
在实践中，往往是将多头种畜的系谱直接进行针对性的分析比较。鉴定时，重点放在父母代的比较上，其次是祖父母代上。因为近代亲属影响大，远亲影响小；审查和鉴定不能针对某一性状，要以生产性能为主做全面的比较；不同系谱要同代祖先相比，即亲代与亲代、祖代与祖代比较。
系谱测定多用于幼年和青年时期，本身尚无生产性能记录时的选种，是早期选种的方法之一。在牦牛生产中主要用于种用牦牛的初选。
3、牦牛的同胞测定
同胞测定是根据其同胞的成绩来评定某一个体的种用价值。可分为全同胞测定、半同胞测定、全同胞一半同胞混合测定等三种。
而牦牛选种中的同胞测定主要是半同胞测定，另两种同胞测定较少应用。
对于牦牛的产乳量、乳脂率、产后乏情长短、排精量等限性性状和屠宰率、净肉率等活体难于准确度量的性状，用同胞测定是最好的方法之一。
