基肥宜用迟效性肥料，每亩用厩肥约500-600千克或迟效性磷肥，也可用过磷酸钙约20千克。将上述肥料混匀后，结合整地沟施或穴施，覆土后移苗定植、浇水。
辣椒膨大初期开始追肥，以促进果实膨大。每次采果后，结合培土和浇水进行追肥，每亩追施纯氮15-18千克、磷肥18-20千克、钾肥15-17千克。具体如下：
(1)第一次追肥在植株成活后，亩施1%硫酸铵水溶液约500千克，点根浇。
(2)第二次在植株现蕾时，每亩用40%人粪尿约600千克或4%的硫酸钙水溶液375千克，点根浇。
(3)第三次在第一簇果实开始长大时，这时需要大量的营养物质来促进枝叶生长，否则不但影响结果，而且植株生长也受到抑制。宜用速效性肥料，每亩用50%人粪尿约80。千克，点根浇。或硫酸铵10千克、过磷酸钙5千克，将上述肥料混匀后条施或穴施，然后浇水。
(4)第四次在6月下旬，此时天气转热，正是结果旺期，结合送水，用肥量和施肥方法参照第三次追肥。
(5)第五次在8月上旬，此时气温高，辣椒生长缓慢，叶色淡绿，果实小且结果少。每亩施20%人粪尿约800千克或2%硫酸铵水溶液，以促进辣椒枝叶的生长和结果。
(6)第六次追肥在9月中旬，施用量和施肥方法参照第五次，保证生长后期的收获。
需要注意的是，不能偏施氮肥和高氮、高钾肥料。由于这些冲施肥含氮高，个别还含有大量的激素，易造成辣椒前期秧子徒长，后期脱肥严重。长期施用化学肥料，特别是硝态氮肥料，易造成上壤板结、盐碱化，严重影响大棚辣椒的正常生长和辣椒品质，建议多用生物菌剂或复合微生物肥料和纯硫酸钾作冲施肥。
辣椒科学用肥的原则是什么
(1)根据营养诊断追肥：根据辣椒生长发育的营养特点和土壤、植株的营养诊断进行追肥，及时满足辣椒对养分的需要。
(2)以有机肥为主，无机肥为辅：重视优质有机肥的施用，合理配施无机肥，有机氮与无机氮之比不低于1:1，用地、养地相结合。根据辣椒需肥特点，以有机肥为主，无机肥为辅。根据土壤性状施足基肥，合理追肥。在以有机肥为主的施肥方式中，将70%以上的肥料作为基肥，种植前施入土壤中的养分不易流失，并可以改良土壤性状，提高土壤肥力。追肥要根据生长情况与需求，以速效肥料为主。采用沟施、穴施、顺水冲施等多种方式。
(3)平衡施肥：以土壤养分的测定结果和辣椒需肥规律为依据，按照平衡施肥的要求确定肥料的施用量。氮肥、磷肥、钾肥的施用量视土壤肥力状况而定，以维持土壤养分平衡为准。根据肥料特性，科学配比，平衡施肥。应根据土壤肥力状况、辣椒营养需求和季节变化等因素，调整各种养分的配比和用量，保证辣椒生产所需的营养平衡供给。除了有机肥和无机肥外，微生物肥、微量元素肥等都可以通过根施或叶面喷施作为作物的营养补充。
(4)避免养分间的化学反应和拮抗作用：磷肥中的磷酸根离子很容易与钙离子反应，生成难溶的磷酸钙，造成植物无法吸收，出现缺磷。必须先与有机肥混合堆沤，然后施用。磷肥不宜与石灰混用，也不宜与硝酸钙等肥料混用。钾离子和钙离子相互拮抗，钾离子过多会影响作物对钙的吸收；相反，钙离子过多也会影响作物对钾离子的吸收。
(5)施用无害肥料：禁止和限制施用生活垃圾、污泥、城乡工业废渣以及未经无害化处理的有机肥料等。
