目前主要有以下3种使用形式：
1．鲜饲。可按一定比例直接配入饲料中饲喂动物。这种使用方式要注意一定使用新鲜菌糠，并保证菌糠中不含土粒、杂菌，污染部分要去除。
2．复合干饲料。将采收3-4茬不同菌类的菌糠认真地进行挑选，取菌丝洁白、料块结实、无霉变和腐烂部分，晒干或烘干后粉碎，存放于阴凉干燥处。使用时再按一定比例添加到畜禽的饲料中去。
3．发酵饲料。这是利用菌糠作饲料最好的利用方式。选地势高、干燥处挖宽50-60厘米、深50厘米、长度不限的土坑，内铺塑料薄膜，放入10厘米厚新鲜无污染菌糠，糠面撒一层盐，盐上再放菌糠，直到凸出地面5-10厘米为止。盐的用量为鲜菌糠的0.5%，层层压实，上盖塑料薄膜，发酵5-50天后随用随取。
但实际生活中，老百姓经常用缸（桶、塑料袋）来进行发酵，原理是一样的。取菌糠50%-70%，加米糠30%-50%，加水拌匀，以手握时指缝中有水滴而不滴水为宜，然后装入缸（桶）内，稍加压实，经1-2天发酵至有酒香味即可饲喂。
使用菌糠饲料的注意事项：菌糠使用量的多少，要根据其营养价值来决定。并且要在保证饲粮中的粗纤维含量不超过国标时，尽可能替代日粮中的部分糠麸类饲料。
一般地，按风干重量计，菌糠可占配合饲粮的比例是：仔猪5%-10%，小猪10%-20%，中猪25%-30%，大猪30%-40%，成年母猪40%-50%;鸡5%-10%，鸭、鹅10%-20%;牛、羊30%-60%；兔10%-25%；鱼5%-10%或将新鲜菌块投入池塘任其采食。
