大水退后，先将禾苗於泥清洗干净，待叶尖恢复吐水功能后，就要补施肥料。
一般每公顷秧田可施尿素75kg，促进秧苗恢复生机、多发白根；大田可以根据生长时期补肥，对于孕穗期亦可追施尿素75kg/公顷，起保花作用；
对于生长茂盛、长势浓绿的高产田块不应施肥，若禾苗吸肥过量，会造成组织松软、恋青，容易感发病虫，宜倒伏，也会造成减产。
水稻被水淹后，叶片受伤，植株抗病力降低，且田间湿度适宜病虫的生长蔓延，纹枯病、稻瘟病、稻飞虱等病虫害易大面积发生，应特别注意防治。
此外，因除草剂均会减弱秧苗耐涝力，秧苗受淹后不宜使用除草剂。
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