鸡场的粪便、死鸡、废水、用剩的疫苗包装物等如不作处理，随意倾倒，不仅扩大传染源，还污染环境，必须妥善处理，变害为宝。
(1)鸡粪处理
1、堆积发酵。利用微生物发酵产生的高温杀灭鸡粪中的病原微生物与寄生虫卵，再作有机肥料施用农田。鸡粪也可以放入沼气池，生产沼气，然后再施用农田。
2、直接烘干脱水：方法简单，但产生的恶臭影响居民生活，也污染环境。
3、生产有机肥料：将微生物复合菌混入鸡粪，经1～2次充分发酵，杀灭其中的病原微生物与寄生虫卵，消除恶臭，然后干燥、粉碎、过筛，按不同作物的施肥需求，成比例加入磷、钾以及各种微量元素等，包装出厂即成。此法附加值高，但所需设备需要一定投入。
(2)死鸡处理
死鸡处理把握“不许出场”的原则，最好方法是投入焚烧炉焚烧，其次是深埋。有的地方将死鸡作为皮毛动物的饲料，节省喂养皮毛动物的成本。收购者拉着死鸡从一个鸡场到另一鸡场到处跑，对控制传染源、环境保护十分有害。
(3)废水处理
当前，大部分鸡场采用乳头饮水器，流出的废水较少，主要是冲刷鸡舍产生大量废水，可修建沉淀池，沉淀出的鸡粪、鸡毛按鸡粪处理，上清液定期用含氯消毒剂灭菌，可以作灌溉用水。
(4)用剩的疫苗包装物处理
用剩的疫苗包装物残留活病毒，如果按垃圾抛弃到自然界，这些活病毒有可能复壮，成为强毒。处理方式，一是用火碱水浸泡后当做垃圾；二是深埋。不可随意抛弃。