《中华人民共和国土地管理法》、《基本农田保护条例》和国土资源部制定的有关规章对基本农田保护制度做了规定。这些制度概括起来主要有以下几个方面：
(1)基本农田保护规划制度。各级人民政府在编制土地利用总体规划时，应当将基本农田保护作为规划的一项内容，明确基本农田保护的布局安排、数量指标和质量要求。
(2)基本农田保护区制度。县级和乡（镇）土地利用总体规划应当确定基本农田保护区，保护区以乡（镇）为单位划区定界，由县级人民政府设立保护标志，予以公告。
(3)占用基本农田审批制度。基本农田保护区经依法划定后，任何单位和个人不得改变或者占用。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实无法避开需要占用基本农田，涉及农用地转用或者征用土地的，必须经国务院批准。严禁通过调整各级土地利用总体规划变相占用基本农田。
(4)基本农田占补平衡制度。建设占用多少耕地，各地人民政府就应补充划入多少数量和质量相当的耕地的行为。
(5)禁止破坏和闲置、荒芜基本农田制度。禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。禁止任何单位和个人闲置、荒芜基本农田。
(6)基本农田保护责任制度。并作为考核领导干部政绩的重要内容。
(7)基本农田监督检查制度。县级以上地方人民政府应定期组织土地行政主管部门、农业行政主管部门以及其他有关部门对基本农田保护情况进行检查，发现问题及时处理或向上级人民政府报告。
(8)基本农田地力建设和环境保护制度。地方各级人民政府农业行政主管部门和基本农田承包经营者，要采取措施，培肥地力，防止基本农田污染。
