对于使用后的效果，两者之间也是不同的
芽孢作用于有机质积累多的池塘迅速转化有机物为无机养分，（大部分的异养菌代谢过程都是这样），这时水体无机养分迅速升高，透明度会有所变高，此时如果水体藻类基础良好，天气也正常，那么水会迅速变肥，其实先不要定论是否变肥，只能说藻类大量生长，水质变浓，如果是有益于鱼类增值的藻类可以说是变肥，反之，则只能说变浓。如果此时水体藻类基础差，或是下菌后又恰好遇到阴雨天，那么此时，必然会氨氮亚盐升高，如果不开增氧，水质会更加不适应鱼类生长，所以也是为什么有的养殖户用了芽孢发生死鱼。即是偶然也是必然。
光合用于水体以后，如果是养殖前期，池塘的积累不多或是上年的积累物质水温没有起来，没有被释放，这个时候用光合以后特别是大量用以后，和藻类争夺营养，藻类会很快被抑制，迅速把水变清，这点绝对不是我们养殖户所喜欢的结果，所以说，前期用光合，可以少量，或是和结合无机肥－起使用，和无机肥配合使用是比较好的途径，可以把简单的廉价的肥料转化为营养丰富的浮游生物，对杂食性特别是滤食性鱼类。单独的无机肥往往只是把水变浓，而不是真正的变肥。那么，养殖中后期，特别是精养池塘，池塘每日投入变多，加上池塘底部大量的积累物质在温度起来以后迅速被异养菌分解释放为无机养分，这个过程就和芽孢分解转化过程是一样的了，这个时候用光合，量就可以适当加大，至于还需不需要配合无机肥，就要看实际情况，灵活掌握了。
最后，本着一个从事养殖－线的我，告诉大家，不要想今天用这个菌，明天又用那个菌，就普通调水来说，坚持用好芽孢或是光合就够了，你看哪个省钱就用哪个，普通养殖一定要控制成本，减少折腾。好多的养殖户就是喜欢瞎折腾。累了人不说更赚不到钱。
