目前，我国芝麻种植始终摆脱不了低产不稳的局面，其根本原因，除了自然灾害之外，主要是栽培技术落后，投入少，管理粗放。芝麻栽培上存在的问题，主要有以下几个：
(1)涝：旱、涝灾害，频繁交替。多数年份，由于芝麻生长季节降雨集中，地势低洼，排水不畅，芝麻受渍涝而生长不良，严重减产甚至大面积绝收。而有的年份，又因芝麻生育期持续干旱，影响播种全苗，造成生长停滞，落花落蒴，提前封顶终花而大幅度减产。
(2)晚：夏芝麻由于受前作小麦成熟收割期的限制，一般都要在6月5日以后才能播种。如果遇到麦收后严重干旱或阴雨连绵，播期甚至会延误到6月中下旬。由于播种偏晚，缩短了夏芝麻的有效生育时间，造成光热资源的大量浪费。同时，晚播带来夏芝麻整个生育期的相应推迟，使各个生育期均处于不利气候条件下。苗期植株徒长，花蕾期大量落花落蒴，后期又因低温冷害，生长停滞并影响蒴果发育和灌浆结实，其结果是芝麻植株长得低，腿却高，蒴稀、蒴小，黄梢长，子粒秕，产量大大降低。
(3)薄：土壤瘠薄，施肥水平低，土壤本身缺磷少氮。由于经济落后，资金不足，加之芝麻不稳产，收益低，农民对芝麻施肥缺乏认识，不愿增加生产投入，使施肥水平很低甚至根本不施肥。即使有时施一点肥，也因氮磷配比不合理，施肥方法不科学而不能充分发挥肥料作用，甚至造成不良效果。
(4)病：对病害缺乏有效防治。由于芝麻种植面积大，轮作倒茬不合理，土壤中病原菌长年积累，茎点枯病、枯萎病发生严重；后期叶病对芝麻高产也是严重威胁。雨涝灾害更促使病害传播流行。
(5)杂：品种混杂退化相当严重。近年来，河南省芝麻新品种选育取得了显著成绩，相继育成了豫芝1号至10号等一大批耐涝、抗病、高产的芝麻优良新品种、但是，由于良种繁育体系不健全，新品种推广利用缓慢，芝麻生产上品种混杂退化仍相当严重。由于种子混杂退化，种性低劣，不能充分发挥良种增产效益，也降低了芝麻的商品品质。
(6)粗：播种粗糙，管理粗放。许多地方，还保留着撒播的老种植习惯。种植密度，或偏稀，或过密，群体生长力得不到充分发挥。管理失时，草荒严重，打芝麻叶等，都是造成芝麻减产的原因。
