花是芝麻的生殖器官，具有产生种子、繁殖后代的作用。每朵发育完全的芝麻花由苞叶、花柄、花萼、花冠、雄蕊和雌蕊6部分组成。
芝麻花柄较短，上部加粗部分为花托，着生花的其他各个部分。苞叶绿色，在花柄的基部，左右相对各有1个．长1厘米～2厘米，小者刺状，大者呈披针形。
花萼绿色，一般5裂，具有5个刺状萼片。花白色、粉红色或紫色，因品种而异，筒形有明显唇部，上部有5个花瓣，一大四小。
芝麻花冠在未开放前，边缘折叠，拖合在一起，覆盖着筒内的雄蕊和雌蕊。这种结构，可避免接收外来花粉，所以芝麻属自花授粉作物。
在芝麻花冠基部与子房之间还有一圈黄色蜜腺，蜜腺和花冠的颜色都具有引诱蜜蜂传粉的作用。因此，芝麻有一定异交率，其异交率一般在5%以下，属常异花授粉。
在芝麻花冠内壁上，着生有4枚、6枚或8枚雄蕊。雄蕊由花丝和花药构成。花丝细长，约十几毫米，上端各着生1个花药。花药乳白色，有的品种花药上还带有紫筋。
花药围绕于雌蕊柱头周围，便于授粉。花药内有许多花粉粒，圆形，上有发芽孔。雌蕊位于整个花的中央，由花柱、柱头和子房组成。子房位于雌蕊基部，有2个-4个心皮，并被分隔为4个、6个或8个假室，每个假室着生一排胚珠，将来结成一排种子。
子房向上为细长的花柱，花柱顶端裂开为柱头，柱头的裂敦为2裂、3裂或4裂，也与蒴果棱数和种子捧数相对应。
