接种前勿忘严格检查菌种质量。如有黄、绿、黑色出现，说明菌种已被杂菌污染，应淘汰；如菌丝出现棕红色斑块或液体，可能菌丝老化或局部伤热；如菌丝灰白、稀疏无力，说明菌种活力低下，应慎用。
接种时在酒精灯火焰上方无菌区打开菌种瓶，刮除表层老化的菌丝和已形成瘤状或珊瑚状子实体。打开被接菌袋口，用接种工具将菌种迅速接入袋口内，然后封口。每瓶二级菌种可接种30～45袋三级种。
四、猴头菇菌种培养方法
养菌室要求干燥、洁净 、保温、有通风条件，室内可搭5~8层架子，每层高度在35~45 cm，最下层距离地面不得少于40 cm，床面可取任何材料，但表面一定要坚固、平整、光滑，避免刺破袋底部。养菌室在养菌前3 d应做消毒处理，灭菌方式与接种室消毒要求基本相同。
接种完毕的菌袋进入培养室后，在发菌管理过程中要对菌袋进行检查。菌袋入培养室后3～4 d，一般不宜翻动。7 d后检查菌丝生长情况和有没有杂菌污染。一旦发现杂菌污染菌袋立即清除，焚烧或深埋处理以防传染。
在适宜条件下，25 d左右菌丝即可长满袋。为了使其顺利完成发菌，应加强管理：
一是温度控制上主要以控制室温为主，温度计应放到菌袋温度最高的地方。菌袋初入培养室的1～4 d，室温应调到24～26 ℃，以使所接菌种在最适环境中尽快吃料，定植生长，形成优势，减少杂菌污染。
5 d起，随着菌丝生长，袋内温度上升，比室温高出2 ℃左右，为此应将室温调至24 ℃以下。16 d之后菌丝逐步进入新陈代谢旺盛期，应控制在20～23 ℃为适。
二是湿度控制方面，在发菌期，菌丝是依靠基内水分生长，不需要外界供水，因此室内空气相对湿度在60%左右即可。湿度大时，应开窗通风。因湿度太大，会导致杂菌滋生。
三是光线控制方面，发菌期菌棚应尽量黑暗，以避免早出菌现象。
