食用菌多数是好氧性的。同其它生物一样，食用菌的呼吸作用是吸收氧气，排出二氧化碳。食用菌分解糖类等有机物质是靠氧化作用进行的，过高浓度的二氧化碳直接影响食用菌的呼吸活动，而有碍生长发育。
一般在菌丝体生长阶段消耗的氧气不多，不过通气与否对菌丝体的生长速度也有明显影响。在子实体形成时期则需要消耗较多的氧气，此时通气好，氧气充足，能促进子实体分化和长大。否则，通气差，二氧化碳积累多，子实体就难形成，生长也慢。
当子实体形成后，呼吸作用旺盛，对氧气的需要量急剧增加，此时若通气不良，小食用菌会变黄死亡；开伞阶段，氧气不足，便不会散放孢子，孢子在氧气不足的情况下也不会萌发。灵芝子实体在二氧化碳为0. 1%环境中，一般不形成菌盖，菌柄分化成鹿角状分枝。
二氧化碳浓度增加到10%时，没有任何组织分化，甚至影响皮壳发育。二氧化碳浓度达到0. 1%时，猴头菌形成珊瑚状分枝；蘑菇、香菇出现柄长、开伞早的畸形菇。
为了保证菌丝体生长对氧气的需要，培养母种时常将培养基制成斜面，培养原种和栽培种时培养料只装到瓶肩处，而且装料要松紧适度，并于中部从上到下戳一个洞。
为了保证子实体生长对氧气的需要，当子实体原基一形成，就立即加强培养室的通风换气，随着子实体的长大，通风换气也相应增加。
