1．畸形菇问题。畸形菇实际上就是由于管理不善造成的生理性病害。造成畸形菇的主要原因之一是菇棚温度偏低，可通过提高菇棚温度到最适生长温度预防。因为在很低的温度下，菇体细胞的正常分裂不能进行。原因之二就是通风管理不当造成的。通风的主要目的是为食用菌子实体的正常生长补充氧气，同时排出其代谢废物二氧化碳。
子实体生长分化阶段对二氧化碳浓度较为敏感。如双孢蘑菇，当菇房中的二氧化碳浓度大于1%时，往往出现菌柄长、早开伞等品质下降现象；二氧化碳浓度超过6%时，菌盖发育受阻，菇体畸形，商品价值受损。灵芝的幼小于实体二氧化碳浓度为0.1%的环境中发育时，～般不形成菌盖，菌柄分枝呈鹿角状。
2．病虫害问题。出菇期发生病虫害尚无较好的农药防治方法。由于食用菌生长周期短，原则上出菇期是不能使用农药的，因极易造成农药残留，危害人体健康。所以，如出菇期病虫害大发生，只能标志着栽培失败。但对病虫害的防治目前依然强调预防为主。主要措施是：
一是保护好菇场环境，发菌期的污染杂菌袋不能随便丢放，更不应该扔在菇棚，要集中焚烧或挖坑深埋；通风口一定要加防虫网，以防成虫产卵，导致虫害。
二是要加强通风，控制好菇棚的相对湿度。如用农药控制，可用一些高效低毒的农药如菊酯类杀虫剂、多菌灵类杀真菌剂、农用抗生素类杀细菌剂，但要特别注意，绝对不能带菇喷施农药，而应把菇全部采净后再使用农药。
