石榴贮藏后期容易发生腐烂，腐烂多发生在靠近果实萼筒的部位。引起腐烂的病原菌在石榴栽培过程中已经寄生于这个部位，随着贮藏时间的延长，果实自身抵抗能力下降，病状开始显现。
发病初期石榴果实出现水浸状斑块，发病后期果实表面密生黑褐色、细沙大小的颗粒状物，发病后症状主要表现为软腐和干腐。
《中国真菌总汇》中记载石榴上的真菌有：黑曲霉(aspergillus niger)、产紫青霉(penicillium purpurogenum)、石榴鲜壳孢(zythia versonlana)、石榴小赤壳(nect-riella versoniana)和石榴外壳孢(aposphaeria punicina)5种，其中引起石榴干腐病的是石榴鲜壳孢(zythia versonlana)，其有性阶段为石榴小赤壳(nectriella verso-niana)。
付娟妮等采用柯赫氏法则和分子鉴定方法对陕西临潼石榴病原菌进行分离鉴定，确定导致石榴干腐和软腐的病原真菌均为葡萄座腔菌(botryosphaeria do-thidea)。张润光等通过石榴主要病害外部症状观察、病原菌形态显微镜观察和培养菌落形态观察，初步鉴定病原菌为紫变青霉组的紫变青霉菌(p. purpurogenum)。
为防止石榴采后发生腐烂，入贮前需采用有效预防措施处理。有研究表明使用氟菌腈可以抑制由葡萄孢属引起的石榴灰霉病。气调贮藏或自发气调贮藏与其他处理方法相结合也可抑制石榴发生腐烂。
另有报道，石榴使用抗真菌剂山梨酸钾处理后进行气调贮藏保鲜，也可以防治灰霉病的发生。
