人工养殖蚯蚓，如果长期不清理粪便，会污染养殖环境，引起饲料变质，影响蚯蚓正常生长，而且蚓粪中混有卵包，不经清理，还会降低繁殖率。
当养殖床表面的饲料大部分已经粪化（厚度在5厘米左右），就要进行清理。春夏季可1-2个月、秋冬季可3-4个月清理一次，清理蚓粪有下面几种方法：
(1)旁诱法。蚯蚓对新鲜的饲料有较强的趋向性，可先将蚓粪和旧料刮起堆在养殖床的一旁，再堆放新鲜饲料，几天后，蚯蚓就会逐渐钻到新鲜的饲料中。
(2)干湿逼诱法。蚯蚓喜湿怕干，可在养殖床的一边放入新鲜的饲料，盖上薄膜保湿，而另一边的旧料，让其水分自然蒸发，这样可迫使蚯蚓集中在湿料一边。用这种方法清理蚓粪，效果较好。
(3)光照分离法。先疏松养殖床表层的蚓粪，再用强光往返照射几次，蚯蚓怕光即往下钻，这样就可逐层清理蚓粪。
(4)提取法。在养殖床上放一层塑料网（网孔根据蚓体的大小而定），网上铺放新鲜饲料，厚约5厘米，经过一、二天，蚯蚓就被诱到网上，移走塑料网，就可清理蚓粪。
(5)机械分离法。利用蚯蚓喜静怕麓动的特性，用竹（木、铁）制的圆钝小齿耙，把粪化层的表面分成许多小脊垄，并在垄上不停搅动，迫使蚯蚓往下移动，这样就可逐层清理蚓粪。
