在家兔日粮中长时间添加（或剂量过大的）抗菌素，会引起兔消化道菌群失调，表现出食欲不振，下痢或便秘，口腔粘膜炎症、溃疡，眼角和耳廓后的周围皮肤病变：消瘦、虚弱；幼兔发育不良或受阻，死亡率高：妊娠早期母兔的胚胎死亡，公兔精液品质下降。长期添加小剂量抗菌索，虽然看不出有较大影响，但多产生抗药性，一旦发病，治疗困难。剂量很大时，可引起家畜中毒，死亡。
因此，使用抗菌素治疗家兔疾病要有针对性，如巴氏杆菌对青霉索、链霉索敏感，钧端螺旋体对土霉索、链霉索敏感，弓形体对磺胺药敏感，用之效果好，治疗家兔慢性疾病，往往用药时间较长，为避免产生抗药性，提高疗效，常选用二种甚至三种抗菌索，如将莫能霉素与土霉素同时或交替添加在口粮中喂服，并注意补给。四环素与氯霉索没有协同作用而不应一起使用；土霉索与杆菌肽两者有拈抗作用也不可同时应用（氯霉索与链霉索例外）。用磺胺类药的注射剂溶解青霉紊，则青霉素效值降低，甚至丧失，因为磺胺药溶解为碱性，青霉素溶液为弱酸性，若分开注射，由于兔体液的缓冲作用，是允许的。
免疫注射前后和将要屠宰的兔只，应避免使用抗菌素，以免影响兔疫效果和残留在兔肉里影响人体健康。在治疗兔腹泻疾病时，抗菌索不能与活性碳等吸附药联合使用，因为活性碳能大量吸附抗菌素，使抗菌素不能发挥作用。
