肉鸭用药要结合病情制订合理的给药方案，最好在兽医的指导下进行。用抗菌药治病时必须有合适的剂量、间隔时间及疗程。
疗程应充足，一般的感染性疾病可连续用药3～4天，症状消失后再巩固1～2天，以防复发，磺胺类药的疗程更长。
由于肉鸭生长周期短，新陈代谢旺盛，生长迅速，从而导致肉鸭的抗病能力和抗应激能力较差。在抓好养殖饲养管理和疫苗接种的同时，做好药物预防是养殖户降低死淘率、增加收益的最佳选择。下面推荐一个肉鸭药物预防程序：
1日龄：温开水+葡萄糖+黄芪多糖。1日龄雏鸭由于运输、转群能量消耗大，应补充少量葡萄糖，减少激反应，提高健雏率、抗病力、成活率。
2～5日龄：白天用喹诺酮类药物自由饮水，预防外源性细菌病。晚上用黄芪多糖混饮，诱导机体产生干扰素，提高机体的免疫机能，促进卵黄的吸收，迅速完善消化系统的机能，增强抗病能力。
4日龄：第一次带鸭消毒。
8～10日龄：主要预防传染性浆膜炎、坏死性肠炎等肠道细菌性疾病。
12日龄：第二次带鸭消毒。
17～25日龄：用喹乙醇拌料，提高肉鸭生长速度，降低发病率，提高饲料转化率。
21日龄：第三次带鸭消毒。
28～30日龄：使用预防传染性浆膜炎、坏死性肠炎等肠道细菌性疾病及慢性呼吸道病的药物。
30～35日龄：填鸭阶段，抓增重、防病、提高出栏率。此阶段易发生鸭传染性浆膜炎、流感、啄羽症，因此，一定要加强管理，增加消毒次数。抗菌药、强力多维饮水。
注射疫苗前一天，用电解多维饮水，有效减少应激，不减料，提高疫苗效力，加速抗体的产生。
