疫苗免疫是当前预防病毒性传染病的主要手段，对于一些细菌性传染病药物预防也不能代替疫苗预防。因此要加强疫苗防疫，结合当地疫情制定科学的免疫程序。
目前，我国的鸭病研究相对滞后，多数鸭病还没有合法的疫苗和血清制品来预防接种。有条件的养殖场可以采用自家苗来免疫鸭群。下面推荐一个肉鸭的免疫程序，仅供参考。
1、在1～3日龄，鸭肝炎疫苗，皮下或肌肉注射，1头份。有条件的鸭场要根据雏鸭体内的母源抗体滴度调整鸭肝炎疫苗的免疫日期。在本病高发区也可直接皮下注射高免血清或高免卵黄抗体。
2、到7日龄，鸭浆膜炎大肠杆菌二联苗，皮下或肌肉注射，1头份。
3、在7～10日龄，禽流感疫苗，颈部皮下或翼下肌肉注射，1头份。目前禽流感疫苗合法产品有h9+h5、h5、h9三种，可根据当地情况选用单苗或联苗。选择适于当地免疫的效果较好的疫苗，才能控制鸭流感，降低死亡率。
4、至17～20日龄时，禽流感疫苗，颈部皮下或翼下肌肉注射，1头份。根据当地情况可选用单苗或联苗。
5、于21～28日龄，鸭瘟疫苗，皮下或肌肉注射，1头份。
