发酵床养鸡技术在20世纪50年代首先内日本山岸会进行研究开发。日本山岸会会长山岸已代藏先生，在养鸡实践中坚持把尊重鸡的基本权利放在首位，创建了山岸养鸡法。
山岸已代藏先生认为“要想在养鸡上获得成功，精神要先行于技术及经营”。目前，日本山岸会已在日本、韩国、泰国、德国、瑞士、澳大利亚、美国、巴西建成50多个山岸农法示范基地。这些基地遵循循环农业的原理，将养殖业与种植业有机地结合在一起。
以发酵床养殖为主的土著菌技术就是其中的一项重要技术。土著菌养殖的对象也从养鸡逐步发展到养猪、养肉牛，并巧妙地利用了畜力来进行发酵床的管理。
从利用畜力来进行发酵床管理的效果看，鸡要优于猪，猪又优于牛。猪主要是用鼻子拱；鸡既用嘴啄食，又用脚刨食；牛既不会拱，又不会刨。在垫料用量方面，养鸡用的垫料比养猪所用少得多，得到垫料容易得多；从发酵床的建造要求看，建养鸡发酵床比建养猪发酵床容易得多。
韩国从1965年开始学习日本以应用发酵床技术为主的土著菌技术。经过几十年的实践，对理论进行不断发展和完善，创建了韩国的自然农法。
韩国自然农业协会会长赵汉圭先生认为：“自然农业养鸡，不需要太多的资本和什么特别的技术，它最需要的是在大自然怀抱中的爱心。只要去体会一次，无需这样或那样的培训和繁多的书本知识，不用掌握很多的技术，无论是什么人，都能获得稳定的收益，与其为了寻找什么捷径而烦恼，不如选择面向未来的自然养鸡这条阳关大迫。”
20世纪40年代，日本微生物专家岛木觉也先生开创研究了酵素菌技术(称岛本微生物农法)，并于1970年建立了第一个发酵床系统。该系统利用坑道以木屑作垫料，上面加盖塑料薄膜使垫料发酵。这项技术于20世纪80年代后期进入实用阶段。
目前，在荷兰等国家，采用深层垫料养殖系统，更主要的原因是减少圈舍内氨气的释放，因此，大量试验比较了不同垫料对氨及其他气体释放的影响。结果认为，秸秆与草炭或木屑的配合使用，有助于减少氨的释放，但会增加温室气体氧化亚氮的生成和释放。
近年来，世界上已有近百个国家在生产和使用生物酵素美国、朝鲜、巴西、中国、法国、澳大利亚、韩国、国、印度尼西亚、巴基斯坦和印度等。
